ノートパソコンの修理

2.5(ノート用ハードディスク)インチプラグ→3.5インチHDD変換プラグを買ってきたので,
長い間,置き去りにしていたノートパソコンの修復をする.デスクの方に,ノート用のHDDを接続して,OS(win98)を入れなおした.その後,ノート本体にHDDを戻し,起動.
だが,正常起動出来ない。異常に起動が遅いのだ.
　Safe Modeでの起動であれば,すいすいと動くのだが通常起動だと亀どころか,ミジンコに地中を這わせているような遅さ.エクスプローラが起動するシーンまでは進むのだが,エクスプローラが起動し始めると,それ一歩も進まなくなる.限りなくフリーズに近い鈍足．原因は不明です.
仕方ないので,Safemodeで起動し,ScanDisk,defrag等試しているが,これで果たして直るんだか・・・.